Tüm hayvancılık faaliyetlerinde olduğu gibi kalıtsal kusurlar keçi yetiştiriciliğinde de istenmeyen bir durumdur. Kalıtsal kusurları oluşturan genler ise yavrulara ana ve babadan geçerler. Bu kusurlardan bazıları öldürücü bazıları ise yarı öldürücüdür. Başarılı bir yetiştiricilikte bu kusurlara sahip ana ve babalardan doğan yavrular ayıklanarak bu özelliklerin devamını engellerler. Keçicilikte ortaya çıkan yarı öldürücü genlerin sebep olduğu kusurlar arasında; cücelik, kısa alt çene, kulaksızlık sayılabilir. Öldürücü etkiye sahip genlerin oluşturduğu kusurlar ise 2 ana gruba ayrılırlar. Bunlar; vücut kusurlar ve üreme kusurlarıdır.

   Vücut Kusurları: Vücut kusurları arasında sırasıyla; kulaksızlık, cücelik, kılsızlık, diş sayısında görülen anormallikler, fazla meme başlılık ile memelerin kanal tıkanıklığı, sinirlilik, kısa alt çene, eklem anormallikleri sayılabilir. Bu kusurların bir kısmı ölüme sebebiyet vermese de bir kısmı zaman içerisinde yavrunun ölümüne neden olmaktadırlar. Örneğin, kısa alt çenelilik veya papağan çenelilik düşük bir dudak şeklinde ortaya çıkar. Anormal bu ağız yapısı oğlağın anasını emmesini engelleyeceğinden kısa ir süre sonra ölüm ortaya çıkar. En önemli kusurlardan sayılan fazla meme başlılıktan özellikle süt keçisi yetiştiren ve otomasyona dayalı sağım yapan yetiştiriciler için istenmeyen bir durumdur. Yine meme kanallarının tıkanıklığı durumunda memede süt üretilmesine karşın meme bezlerinden akıtıcı kanala süt inmediğinden süt elde edilemez.

   Üreme Kusurları: Üreme kusurları başarılı ve karlı yetiştiricilik yapmak isteyen hayvancılık işletmeleri için en istenmeyen durumlardan bir tanesidir. Örneğin tekelerde yumurtalıklardan birisinin veya ikisinin karın boşluğunda sıkışıp kalması ( kriptorşizm) dölleme yeteneğini kaybetmesine neden olacağından en istenmeyen durumlardan birisidir. Eğer testislerden birisi dışarıda olursa teke dölleme yeteneğinde olur. Fakat her ikisi de karın boşluğu içerisindeyse vücut ısısı sperm üretmesine engel olacağında kesinlikle dölleme yeteneğinde değildir.

   Bir başka üreme kusuru ise, skrotum fıtığı olup skrotumun dışarıdan çok büyük bir görüntü vermesi ile ortaya çıkar. Testisler körelerek asıl görevlerini yapamaz olurlar ve tekelerde dölleme yeteneğini kaybederler. Testislerin gelişememesi de bir başka kusur olup yine dölleme yeteneğinin kaybolmasına neden olmaktadır.    Keçilerdeki üreme kusurları ise çift cinsiyetlilik, ikiz doğumlarda farklı cinsiyete sahip oğlaklar doğmuşsa cinsiyet bozuklukları dolayısıyla kısırlık, yumurtalıkların gelişememesi gibi durumlar sayılabilir. Bilinçli bir yetiştiricilikte bu özellikleri taşıyan gerek erkek gerek dişi hayvanların döl verimlerine olanak sağlayacak bir ayıklama yapılır.