Hayvansal üretimde ağılların temizliği ve bakımına sürekli önem vermek suretiyle hastalıkların ortaya çıkmasına meydan verilmemelidir. Bu amaçla ağıl temizliği ve dezenfeksiyon uygulamaları keçi yetiştiriciliğinde de en önemli işlerin başında gelir. Hastalığa neden olan bakteri ve virüsler nemli ortamlarda, özellikle gübre ve idrar ile ıslanan ağıl tabanı ile duvardaki çatlak ve yarıklarda kolayca ürerler. Bu nedenle mümkün olduğunca ağıl tabanı kuru tutulmalı ve olanaklar elverdiğince gübre tabandan uzak tutulmalıdır. Yataklık uygulaması bulunan bir kısım süt keçiciliği yapılan işletmeler yaz başı ve kış başında bu altlıkları dışarı çıkarmalıdırlar. Ağıl tabanı temizlendikten sonra duvarlardaki çatlak ve yarıklar kapatılmalı ve tüm ağıl sönmüş kireçle badana yapılmalıdır. Ağılda bulunan metal aksamlar yağlı boya ile boyanmalı pencere ve havalandırma bacaları yazın sinek ve benzeri parazit ve asalaklara karşı telle kapatılmalıdır. Meraya çıkan hayvanların dış parazitlere karşı ayak banyolukları uygulaması yapılmalı, oluşabilecek ayak hastalıklarının önüne geçilmelidir. Keçilerde rastlanan bazı asalaklar ve hastalıklar şunlardır: kelebek hastalığı, kum kelebeği hastalığı, akciğer kıl kurtları, delibaş hastalığı, bağırsak şeritleri ile mide ve bağırsak kıl kurtları, kanlı ishal ( Koksidiyoz ) , bit, kene, uyuz ve nokra.

 Keçi salgın hastalıkları arasında ise; Keçi çiçek hastalığı, şap hastalığı, kuduz hastalığı, Ektima sayılabilir. Bakteri kökenli keçi hastalıklarından en fazla yaygın olanları arasında ise; yumuşak böbrek hastalığı ( Enterotoksemi ) , yavru atma ( Burcella melitensis, malta humması ), Şarbon (Antrax), keçi ciğer ağrısı, yalancı verem ( paratüberküloziz ) sayılabilir.

   Sağlık Koruma Amacı İle Mutlaka Uygulanması Gerekli Olan Aşılar; bir işletmede sağlık koruma işletme ekonomisi ve sürü idamesi bakımından mutlaka dikkate alınması gerekli olan işlemlerden birisidir. Zamanında yapılan aşılar sürünüzün sigortasıdır. Nasıl araba ya da evler olası bir soruna karşı cüzi bir miktara sigortalanıyorsa, hayvanlarda yine sadece bir hayvan fiyatına her yıl aşılanmalı ve tüm sürüyü etkileyebilecek olumsuzluklar bertaraf edilmelidir. Sürünüzdeki sağlık koruma işlemleri için uzman veteriner hekimi müdahale etmesi sürü sağlığı açısından çok önemlidir. Ancak uzamana ulaşamayacak durumda iseniz aşağıdaki uygulamaları yapmanız önerilmektedir.

• Şap: 2,5 yaşından büyük, 6 aydan sonra yapılır. Tipleri A,O,C,AS, A,SOTE1,SOTE2
• Enterotoksemi (Çelerme): Halk arasında yem aşısı da denmektedir. Ani yem değişikliklerinden önce yapılır. Bağırsaklarda saprofit bakteriler vardır. Ani yem değişikliklerinde bu bakteriler hayvanları zehirlemektedir. Buna bağırsak zehirlenmesi denir. Oğlaklara ve kuzulara 1,5 aylıktan sonra 21 gün arayla 2 kere yapılmaktadır. Antikor titresini artırmak için yapılır. Keçilere 3 hafta ara ile 2 kez yapılır.
• Ektima: Deri altına Ektima gözükmeden yapılmalıdır.
• Brucella: Erkeklerden dişilere bulaşan zoonoz bir hastalıktır. Hasta olan keçiler 4,5 aydan sonra yavru atmaktadır. Aşılama 3 aylığa kadar olan oğlaklara yapılır. Ergin aşı hastalık görülen sürülerde kullanılır. Deri altına yapıldığında 3 saatte yayılır, kas içine yapıldığında ise 1 saatte yayılmaktadır. Genellikle aşılar deri altına yapılmaktadır.
• Agalaksiya: Keçi ciğer ağrısı aşışsıda denir. Keçi güneşe yatar ve kesik kesik öksürür. Ciğerlerde yapışma vardır. 4 aylık büyük oğlaklara kuyruk derisi altına ya da kulak derisinin altına yapılır. Aktif bir aşıdır.
• Pseudotüberküloz: Halk arasında patlak veya çatlak denilmektedir. Çene altı lenf yumrularının şişmesidir. Lenf yumruları apseleşir. Bulaşıcıdır. Direk etki ile bulaşır. Hayvanlar birbirlerine kolay bulaştırırlar. Tedavi; düzenli olarak 5 sene aşı yapılmalıdır.
• Koksidiyoz (Cocsidiosis): Protozoon bir hastalıktır. Kandaki hücreleri parçalayan bir hastalıktır. Tavuklarda daha yaygındır. Bazı hayvanların bağırsakları koksidiyoza karşı daha duyarlıdır. Değişik tipleri vardır. Keçilerdeki, kanatlılardakinden farklıdır. Protozoonlar kan hücrelerini parçalarlar. Özellikle sütten kesim sırasında oğlaklarda kanlı ishal görülür. Yemlere antikoksidiyal ilaçlar katılması tavsiye edilmektedir. Fakat ekonomik değildir. İlacın yem içerisine çok iyi karışması gerekir.
• İç ve Dış Parazitler: Dönüşümlü olarak 1 sene enjeksiyon yoluyla, 1 sene oral yolla ilaç kullanılır.1 sene ivermektin grubu, 1 sene solüsyon halinde bovifor kullanılır.